Com quase 250 anos, o JBUC encerra memórias vivas (espécies vegetais) e não vivas (arquitectónicas) do seu passado histórico, cultural e científico. Com uma área atual de 13 hectares, constituída por terrenos, na maioria, doados pelos frades Beneditinos está localizado no coração da cidade, na “Alta de Coimbra”.

Foi Domenico Vandelli o primeiro director do Jardim Botânico que, com Dalla Bella, ambos naturalistas italianos, concretizaram o projeto do Jardim Botânico.

De destacar, neste período, o naturalista e botânico Avelar Brotero, discípulo de Lineu, como o primeiro diretor português do Jardim e que, entre várias publicações científicas, foi autor da primeira Flora Lusitana (1804) e deu início à primeira escola prática de Botânica.

Nomeado director do Jardim Botânico de Coimbra em 1873, o Prof. Júlio Heriques intensificou as trocas de plantas e sementes com outros Jardins Botânicos e criou o banco de sementes e a respetiva publicação do Index Seminum (catálogo de sementes) em 1868, que, inclui cerca de 1.500 espécies portuguesas e exóticas e fundou a primeira sociedade científica botânica do país, a Sociedade Broteriana.

O Prof. Luís Carrisso, nomeado director do Jardim em 1918, dá continuidade ao trabalho do Prof. Júlio Henriques no enriquecimento das colecções do Jardim e do Herbário do Jardim. Em várias expedições científicas a todo o território português, recolheu inúmeras espécies africanas, vindo a falecer prematuramente em Angola.

O Jardim está organizado em duas partes distintas: o Jardim Clássico e a Mata. O estilo neoclássico e suas características principais são bem visíveis na parte mais elevada do Jardim (Jardim Clássico), pela organização em terraços e alamedas, com muros em cantaria e portões em ferro forjado, lagos e um fontanário, onde se destacam o Quadrado Central, o Recanto Tropical, o Terraço Superior, as Escolas de Sistemática, com particular realce para a Escola Médica, a Alameda das Tílias e a Estufa Tropical. No referente à Mata, Arboretum que ocupa cerca de 2/3 da área total, para além de uma grande diversidade de árvores e arbustos, representativas de diferentes regiões fitogeográficas, encontram-se edificados de interesses, como as capelas de São Bento e Sto. Ilídio, a fonte dos 3 Bicos e a casa da eira e a casa do jardineiro, os vestígios da cidade muralhada e primeiro depósito de agua da cidade, e constituem coleções de destaque o magnífico Bambuzal, a Estufa-fria e importantes coleções de Monocotiledóneas, de eucaliptos (cerca de 50 espécies) e um pomar.

Representando um dos principais conjuntos de coleções botânicas nacionais, fonte de documentação e de recursos naturais de excelência, entrecruzando múltiplas funções, o JBUC representa um veículo educativo e científico fundamental para a regeneração das sociedades e do mundo. Assume como objetivo central o de tornar acessível a toda a sociedade o importante repositório de diversidade vegetal e de conhecimento que o carateriza e que foi sendo recolhido e estudado ao longo dos últimos séculos, disponibilizando-o a toda a comunidade para a compreensão a importância da Universidade de Coimbra na História da Ciência Botânica e da Educação.