O edifício atualmente designado por Palácio Real foi construído no final do séc. X, servindo como alcáçova do governador da cidade, durante o domínio muçulmano. Em 1131 passaria a ser a primeira residência real portuguesa, habitada por D. Afonso Henriques, o primeiro rei de Portugal. Em 1537, durante o reinado de D. João III, a Universidade foi transferida definitivamente de Lisboa para Coimbra, tendo sido instalada neste edifício em 1544.

Este Encontra-se divdido em 3 espaços de visita:

Sala das Armas

A sala tem este nome por ser o local da primeira linha de defesa na proteção dos Infantes, dada a sua importância na linha de sucessão ao trono. Posteriormente, foi utilizado como espaço para guardar as armas da antiga Guarda Real Académica. Hoje são utilizadas pelos Archeiros (guardas) nas cerimónias académicas solenes, tais como doutoramentos Honoris Causa, investidura do Reitor e abertura solene do ano letivo. A Guarda Real Académica era o corpo de guardas que garantia a segurança do reitor, da casa reitoral, dos edifícios universitários e do perímetro urbano, integrado na área de jurisdição da Universidade. Os guardas eram conhecidos inicialmente por Verdeais. A partir de 1836, passaram a ser conhecidos por archeiros, embora nunca tenham utilizado arco. No dia-a-dia usavam uma farda de tipo militar. A farda atual é da segunda metade do século XX.

A Sala Amarela, contígua à Sala das Armas, tem as paredes forradas de seda amarela para honrar a Faculdade de Medicina, uma vez que era aqui que se reunia a “Congregação da Faculdade de Medicina”. Este espaço funcionava como uma sala de reuniões onde os membros da Faculdade discutiam os mais variados assuntos. Existem ainda outras salas, com cores diferentes, representando outras faculdades. Ainda hoje, as salas são utilizadas para atos académicos correntes.

É possível ainda ver os retratos de reitores da Universidade que prestaram serviço nos séculos XIX e XX.

Sala dos Atos Grandes

Este espaço é a sala mais importante da Universidade de Coimbra. Foi a antiga Sala do Trono e, entre 1143 e 1383, foi morada, dos reis da 1ª dinastia portuguesa. Nela decorreram episódios importantes da História de Portugal, como a aclamação do rei D. João I, em 1385. Com a instalação da Universidade no Paço, este espaço tornou-se a principal sala da Universidade de Coimbra, pois é aqui que se realizam as cerimónias mais importantes da vida académica.

A configuração atual desta sala resulta da renovação que foi realizada em meados do século XVII. As paredes foram revestidas de azulejos “tipo tapete”, fabricados em Lisboa. O teto, de madeira, foi renovado com 172 painéis que apresentam motivos grotescos (representando monstros marinhos, índios, sereias, plantas).

Nas paredes podem observar-se os retratos de todos os reis portugueses - desde D. Afonso Henriques até D. Manuel II – com a exceção dos reis da dinastia Filipina (correspondente ao período entre 1580 e 1640).

O novo monarca, D. João IV, ofereceu a coroa de Portugal a Nossa Senhora da Conceição como agradecimento, proclamando-a padroeira do Reino. Neste processo foi essencial o apoio dos lentes de Coimbra que, liderados pelo Reitor, fizeram um juramento solene a Nossa Senhora, em 1646, que ficou registado numa lápide na Capela de S. Miguel. Desde esta data, os monarcas de Portugal deixaram de usar coroa.

Sala do Exame Privado

Durante a vida do edifício como palácio real, este espaço serviu como aposentos do rei, tendo sido depois transformado num local onde os licenciados realizavam as suas provas. O exame consistia numa prova oral, realizada ao anoitecer. Tratava-se de um ato de carácter privado, ou seja, apenas o aluno avaliado e os professores poderiam estar dentro da sala.

Este exame perdurou até à segunda metade do séc. XVIII, tendo sido extinto no decorrer das reformas levadas a cabo pelo Marquês de Pombal, durante o reinado de D. José I.

Estas reformas vieram revolucionar o ensino em Portugal, tendo um profundo impacto na Universidade de Coimbra com a introdução das ideia e valores do Iluminismo. A primeira grande mudança foi a expulsão dos jesuítas do país. Seguiu-se a grande reforma da Universidade, que visou particularmente a introdução do estudo e áreas novas, como a Física, Química, Biologia, Astronomia.

Para concretizar este objetivo, o Marquês levou a cabo um conjunto de obras arquitetónicas que transformaram os espaços da Universidade: o Jardim Botânico e o Observatório Astronómico, que ficou instalado no Paço das Escolas, vindo a ser demolido na década de 50 do séc. XX. Procedeu-se ainda à adaptação dos edifícios deixados vagos pela Companhia de Jesus: o Laboratório Chimico (antigo refeitório Jesuíta) e o Colégio de Jesus, antiga sede da ordem, onde foram instalados o Gabinete de Física e a Galeria de História Natural. Hoje em dia, estes espaços fazem parte do Museu da Ciência da Universidade de Coimbra.

O teto desta sala data de 1701. Nele é possível ver o escudo de armas do Reino de Portugal e a representação daquelas que foram as grandes Faculdades da Universidade de Coimbra: Teologia (Cruz e Sol), Leis (Balança e Espada), Medicina (Cegonha e Caduceu de Hermes) e Cânones (Tiara Papal).

Nas paredes da sala é possível observar os retratos de 38 reitores, do século XVI ao século XVIII, sendo visível a duração dos seus mandatos: a legenda faz referência aos dias, meses e anos que o reitor esteve à frente da Universidade. Atualmente o mandato do Reitor está limitado a um máximo de 8 anos (dois mandatos de 4 anos).